A ilha foi descoberta pelos europeus em 1º de novembro de 1501 por Américo Vespúcio, juntamente com a Baía de Todos os Santos. Porém a ilha já era ocupada por índios tupinambás.

A ocupação europeia deu-se a partir de um pequeno núcleo de povoamento fundado por jesuítas na contra-costa em 1560, onde hoje se localiza a vila de Baiacu – então denominada Vila do Senhor da Vera Cruz. Nesse período, foi nela iniciada a plantação de cana-de-açúcar, assim como a cultura do trigo, tendo recebido os primeiros exemplares de gado bovino da região